Жалба се подноси Агенцији преко првостепеног органа (енергетског субјекта који је донео првостепену одлуку – решење) и предаје се непосредно енергетском субјекту који је донео одлуку у првом степену или му се шаље поштом.
Рок за жалбу на управне одлуке – решења или закључке, којима је одлучено по захтеву за прикључење на системе за пренос, односно транспорт и дистрибуцију електричне енергије и природног гаса, је 15 дана од дана достављања првостепене одлуке (члан 120.став 5, члан 142.став 3 и члан 266,став 3. Закона о енергетици). Рок за жалбу на управне одлуке којима је одбијен приступ наведеним и системима за транспорт нафте нафтоводима и деривата нафте продуктоводима, као и систему за складиштење природног гаса је 8 дана од дана достављања првостепене одлуке – решења (члан 161.став 5, члан332, став4. и члан 285. став 6. Закона о енергетици).
Уколико је жалба предата или послата непосредно Агенцији другостепеном органу, у погледу рока сматра се као да је предата првостепеном органу. Агенција је одмах шаље првостепеном органу на испитивање, а даљи поступак се у свему спроводи у складу са законом.
Одлуку по жалби Агенција доноси најкасније у року од два месеца од предаје жалбе.
Ова одлука је коначна у управном поступку. Против ње се може покренути управни спор тужбом пред Управним судом у року од 30 дана од дана пријема одлуке Агенције, у складу са Законом о управним споровима ("Службени лист СРЈ", број 111/09).
Према Закону о републичким административним таксама („Службени гласник“ РС“, бр. 43/03, 51/03-исправка, 53/04-др.пропис,… 59/24-др.пропис, 63/24 -др.пропис и 94/24), подносилац жалбе је обавезан да приликом подношења жалбе уплати републичку административну таксу у износу од 590,00 динара.